Der Hydrotherapie, also der Anwendung von Wasser zur Behandlung und Prävention von Krankheiten, kommt in der Kneipp-Medizin eine besondere Bedeutung zu. Mehr als 100 verschiedene Wasseranwendungen wurden bis heute überliefert. Eine Form der Wasserkur ist das Wassertreten. Wer regelmäßig im kalten Wasser geht, kann dadurch den Körper abhärten und somit Abwehrkräfte und Kreislauf stärken.
Auch die Kneippschen Güsse sind ein einfaches Mittel zur Verbesserung der Durchblutung und damit zur Gesunderhaltung des Körpers. Der Schenkelguss kann gegen müde Beine helfen, der Knieguss fördert das Einschlafen, und die Haut profitiert von einem erfrischenden Gesichtsguss. Auch Vollbäder sind Teil der Kneippschen Hydrotherapie. Je nach Badezusatz können die Wirkungen des Bades variieren, sodass diese Wasseranwendung vielseitig einsetzbar ist.
Mit seinen fünf Säulen der Gesundheit schuf der Naturheilkundler und Pfarrer nicht nur ein ganzheitliches Behandlungs-, sondern auch ein Lebenskonzept, das den Menschen in den Fokus stellt und seinen Lebensgewohnheiten und Lebensbedingungen sowie seinem individuellen Wesen Beachtung schenkt.